Rayonun məməlilər faunası üçün xarakterik olan heyvanlardan qonur ayı , iran bəbiri (Panthera pardus), avrasiya vaşaqı (Lynx lynx), canavar (Canis lupus), çaqqal(Canis aureus), adi tülkü (Vulpes vulpes), porsuq (Meles males), daşlıq dələsi (Martes foina), bezoar keçi (Capra aegagrus), asiya muflonu (Ovis orientalis), qaban (Sus scrofa), boz dovşan (Lepus europaeus), ağdöş kirpi (Erinaceus concolor), hind tirəndazı (Hystrix indica), qonur palazqulaq yarasa (Plecotus auritus) və s. növləri göstərmək olar. Ərazinin ornitofaunası, əsasən, toğlugötürən (Gypaetus barbatus), bataqlıq bayquşu (Asio flammeus), xəzər uları (Tetraogallus caspius), böyük və kiçik qayalıq sittası (Sitta tephronota, S.neumayer), kəklik (Alectoris chukar), dağ kətanquşu (Acanthis flavirostris) ilə təmsil olunur. Digər siniflərə aid heyvanlardan radde gürzəsi (Montivipera raddei), təlxələrdən zeytuni təlxə (Platyceps najadum), rəngbərəng təlxə (Hemorrhois ravergieri), qurğuşunrəngli təlxə (Hemorrhois plumbers), balıqlardan qızılxallı (forel) balığı (Salmo fario), mursa (Barbus mursa) və s. vardır. Qeyd etdiyimiz nadir və nəsli kəsilmək təhlükəsi altında olan bitki və heyvan növlərini qorumaq üçün Zəngəzur Milli Parkı ərazisində Ordubad Dövlət Yasaqlığı yaradılmışdır.
Bir sıra xarici və rus alimləri Cənubi Qafqaz cücüləri öyrənilməsi ilə əlaqədar apardıqları tədqiqatlar nəticəsində toplanmış materialarda Naxcıvan Muxtar Respublikası bölgəsinə, xüsusilə Ordubad rayonnunda daha çox diqqət yetirilir. Sonralar, 1911-ci ildə alman alimi Y.Miller Ordubad rayonunda xeyli kəpənək növü toplanmışdır.
