Ordubad şəhərinin əsasının nə vaxt qoyulması elmə tam aydın olmadığı kimi bu şəhərin adının da mənşəyi tam olaraq aydınlaşdırılmamışdır. Bu toponimin necə yaranması ilə bağlı tədqiqatçıların müxtəlif fikirləri vardır. Bəzi tarixçilər toponimin mənşəyinin məlum olmadığını qeyd etmişlər. Onların fikrincə Ordubad sözünün müxtəlif dövrlərdə Orduvad, Ortvat, Urdubad, Ourdubad şəklində səslənmə formaları mövcud olmuşdur. Əbülfəz Hüseyninin izahına görə isə şəhər əvvəllər "Ordubay" şəklində işlənmişdir. Mənası isə "Bəyin qalası" deməkdir.Tarixi inkişaf nəticəsində toponimin tərkibindəki "y" səsi "d" səsi ilə əvəzlənmiş və bugünkü "Ordubad" formasını almışdır. Bəzi tədqiqatçıların fikrinə görə Ordubad 2 hissədən: "ordu" və "bad" sözlərinin birləşməsindən əmələ gəlmişdir ki, mənası "ordu yeri" deməkdir. Qədim türk dillərində Ordubad oykonimi "iqamətgah", "qərargah","xan düşərgəsi" mənalarında işlənən "ordu" və "abad" (kənd yaşayış məntəqəsi) sözlərinin birləşməsindən ibarətdir. Coğrafi adın tərkib hissələrinin birləşməsi zamanı "abad" sözünün əvvəlindəki "a" səsi düşmüşdür. Keçmişdə şəhərin adı Orduvar şəklində də qeydə alınmışdır. Mahmud Kaşğarlı (XI əs)) "ordu" sözünün "xaqanın yaşadığı yer, mərkəz" mənasında izah etmişdir. Coğrafi adın tərkibindəki "ordu" sözünün "qoşun" mənası XIV əsrdən sonra yaranmışdır. Tədqiqatçı Ə.Fərəzli Ordubad toponiminin izahını verərkən Ordubadın Atropat adını bu günədək özündə qoruyub saxlayan yer adlarından biri olduğunu qeyd etmişdir. O, toponimdə ordu ucalığından yox, "od ucalığından" söhbət getdiyini bildirmişdir. Odbad-Otbad-Atbad-Ortbad-Ord(u)bat-Otrbad-Atrbad-Atropat kimi tarixi inkişaf yolu keçmiş və günümüzdə "Ordubad" şəklində sabitləşmişdir. Filologiya elmləri doktoru, professor Y.Axundlu isə Ə.Fərəzlinin izahı ilə razılaşmayaraq, bunun əksi istiqamətdə inkişaf yolu keçdiyini qeyd etmişdir.Yəni Atrobat-Atrobad-Ortbad… nəhayət Ordubad. Eramızdan əvvəl IV yüzillikdə yaranmış Atropatena dövləti daxilində, dövlətin banisi olan Atropatın adının verildiyi ərazinin olması ehtimalı bu izahın mümkünlüyünü göstərir. Əliqulu Fərəcov şəhərə həsr etdiyi tarixi-iqtisadi oçerkdə sözün mənşəyi ilə bağlı yazır ki, hərfi tərcümədə "ordu dayanacağı" və ya "düşərgə yeri" mənasını verməsinə baxmayaraq, yaşlı əhali sözün "Ordbehişt" adının təhrif olunmuş forması olduğunu təsdiq edir.
