Ataxan Paşayev 1938-ci ildə Naxçıvan Muxtar Sovet Sosialist Respublikasının Culfa rayonunun Başkənd kəndində anadan olub. 1963-cü ildə Azərbaycan Dövlət Universitetinin Tarix fakültəsini fərqlənmə diplomu ilə bitirib. Əmək fəaliyyətinə 1962-ci ildə Oktyabr İnqilabı və Sosialist Quruculuğu arxivində böyük elmi işçi kimi başlayıb. 1963–1965-ci illərdə Arxiv İdarəsinin baş metodisti, 1966–1982-ci illərdə Respublika Mərkəzi Dövlət Ədəbiyyat və İncəsənət Arxivinin direktoru, 1982–1984-cü illərdə Azərbaycan Dövlət Politexnik İnstitutunun baş müəllimi işləyib. 1984-cü ildən 2018-ci ilə qədər Milli Arxiv İdarəsinin rəisi olmuşdur.
1981-ci ildə Tarix İnstitutunun İxtisaslaşdırılmış Müdafiə Şurasında dissertasiya müdafiə edərək tarix elmləri namizədi, 2008-ci ildə isə AMEA-nın A.A. Bakıxanov adına Tarix İnstitutunun Müdafiə Şurasında "XIX-XX əsrlərdə ermənilərin azərbaycanlılara qarşı törətdikləri soyqırımları və deportasiyalar" mövzusunda doktorluq dissertasiyası müdafiə edərək tarix elmləri doktoru elmi dərəcəsi alıb. 1984-cü ildən "Azərbaycan arxivi" jurnalının baş redaktorudur. 1968-ci ildə Azərbaycan Respublikası Ali Soveti Rəyasət Heyətinin fəxri fərmanı ilə təltif edilıb. Azərbaycan Respublikasının əməkdar mədəniyyət işçisidir (1981). Beynəlxalq Arxivlər Şurasının 7-ci (1972, Moskva), 13-cü (1996, Pekin) və 14-cü (2000, Sevilya), 2004 Vyana konqreslərinin nümayəndəsi olub və bu konqreslərdə Beynəlxalq Arxivlər Şurası Baş assambleyasının üzvü seçilib. Keçmiş SSRİ, Müstəqil Dövlətlər Birliyi habelə Türkiyə Cümhuriyyəti arxiv orqanlarının, tarix qurumlarının keçirdiyi elmi konfranslarda və simpoziumlarda Azərbaycan Respublikasını təmsil edərək, dəfələrlə elmi məruzələrlə çıxış edib. 2013-cü ildə "Şöhrət" ordeni ilə təltif edilmişdir.
Elmi əsərləri redaktə Molla Nəsrədddin. Bakı: Gənclik, 1982. 148 s. Köçürülmə. Bakı, "Azərnəşr", 1995. 40 s. Açılmamış səhifələrin izi ilə. Bakı, "Azərbaycan", 2001. 536 s. Cümhuriyyət parlamentinə gedən yol. Bakı, "Adiloğlu", 2005. 88 s. "Molla Nəsrəddin" jurnalının nəşri tarixindən. Bakı, "Çaşıoğlu", 2009. 356 s. Ermenilerin Azərbaycan halkına qarşı torpak iddiaları, soyqırımı və təhcirləri (XIX –XX yüzyıl). Ankara, ATİB 2011.138 s. Ermənilərin Azərbaycan xalqına qarşı torpaq iddiaları, soyqırımı və deportasiyalar (XIX–XX əsrlər). Bakı, "Çaşıoğlu", 2011. 136 s. XIX–XX əsrlərdə ermənilərin Azərbaycan xalqına qarşı ərazi iddiaları, soyqırımları və deportasiyalar. Bakı, "Çaşıoğlu", 2011. 328 s. Геноцид, депортации и территориальные претензии армян к азербайджанскому народу (XIX–XX век). Баку, "Эльм ве техсил", 2013. 152 s. Ötən günlərdən. Bakı, "Elm və təhsil", 2015. 101 s. Tarixi yaddaşımızın etibarlı saxlanc yeri. Bakı, "Elm və təhsil", 2016. 380 s.